Jong xuất hiện lần đầu tiên trong các trận đấu quốc tế vào ngày 19 tháng 6 năm 2007, trong khuôn khổ vòng loại Giải vô địch bóng đá Đông Á 2008 thi đấu với Mông Cổ và ghi bàn đầu tiên trong sự nghiệp quốc tế trong trận đấu đó. Anh đã ghi tổng cộng 4 bàn trong trận thắng 7-0 của Cộng hòa Dân chủ nhân dân Triều Tiên. Jong cũng chơi tại Giải vô địch bóng đá Đông Á 2008 và ghi được hai bàn trong ba trận thi đấu của CHDCND Triều Tiên, nhận được giải thưởng cầu thủ ghi bàn nhiều nhất cùng với Park Chu-Young, Yeom Ki-Hun và Koji Yamase. Jong cũng nổi tiếng vì thường khóc khi quốc thiều CHDCND Triều Tiên được xướng lên trước trận đấu.[17]

Jong cũng thi đấu tại Vòng loại giải vô địch bóng đá thế giới 2010 khu vực châu Á và góp công giúp đội tuyển có mặt tại giải vô địch bóng đá thế giới lần đầu tiên sau 44 năm. Jong chơi trận đầu tiên cho Cộng hòa Dân chủ nhân dân Triều Tiên tại World Cup trong trận đấu với Brasil, và đã kiến thiết cho Ji Yun-Nam ghi bàn thắng cho Triều Tiên trong trận đấu thất bại 2–1.[2][18]

Jong tiếp tục có tên trong đội hình đội tuyển CHDCND Triều Tiên tham dự Cúp bóng đá châu Á 2011 tại Qatar.[19] Jong đã thi đấu cả ba trận vòng bảng nhưng đội tuyển Triều Tiên đã rời giải ngay sau vòng bảng với chỉ 1 điểm và không ghi được bàn thắng nào. Sau giải đấu này, Jong Tae-Se tuyên bố chia tay đội tuyển Triều Tiên sau 4 năm gắn bó, tổng cộng anh đã 33 lần ra sân và ghi được 15 bàn thắng.